Um den weiteren Artenrückgang zu bekämpfen, wurde international, auf europäischer, deutscher und bayerischer Ebene ein differenziertes Schutzsystem eingeführt. Verboten sind danach - je nach Schutzstatus - grundsätzlich vor allem der Zugriff (Entnahme, Beschädigung, Zerstörung, Nachstellen, Fangen, Verletzen, Töten) auf Tiere und Pflanzen sowie ihre Lebensstätten/Standorte in freier Natur, der Besitz, die Ein- und Ausfuhr und die Vermarktung. Auch bestimmte Störungen von Tieren sind verboten.
Daneben können weitere Verpflichtungen hinzukommen (z. B. Kennzeichnungspflicht, Meldepflicht, Haltungsanzeige). Bei Vorliegen bestimmter Voraussetzungen sind die verbotenen Handlungen jedoch ausnahmsweise zulässig oder können auf Antrag ausnahmsweise zugelassen werden (insbesondere für Forschungszwecke).
Eine Ausnahme oder Befreiung brauchen Sie daher zum Beispiel, wenn Sie von den Zugriffs-, Besitz- oder Vermarktungsverboten des Bundesnaturschutzgesetzes für
- besonders geschützte Tierarten (z. B. Maulwurf, Schwalben, Siebenschläfer)
- besonders geschützte Pflanzenarten (z. B. Orchideen, Arnika)
abweichen wollen.
Grundsätzlich lassen die Regierungen als höhere Naturschutzbehörden Ausnahmen von den Zugriffsverboten zu.
Für Biber und Hornissen sind die Kreisverwaltungsbehörden als untere Naturschutzbehörden (Landratsamt oder kreisfreie Stadt) zuständig. Sie stellen darüber hinaus z. B. Bescheinigungen für den Handel mit EU-rechtlich geschützten Arten aus oder nehmen Haltungsanzeigen für besonders geschützte Tiere nach der Bundesartenschutzverordnung entgegen.
Zum privaten Sammeln von bestimmten nicht besonders geschützten Pflanzen in geringen Mengen für den persönlichen Gebrauch ist keine behördliche Genehmigung erforderlich. Jeder darf wild lebende Blumen, Gräser, Farne, Moose, Flechten, Früchte, Pilze, Tee- und Heilkräuter sowie Zweige wild lebender Pflanzen aus der Natur an Stellen, die keinem Betretungsverbot unterliegen, in geringen Mengen für den persönlichen Bedarf pfleglich entnehmen und sich aneignen (§ 39 Abs. 3 BNatSchG).
Besonders geschützte Pflanzen dürfen grundsätzlich nicht aus der Natur entnommen werden (§ 44 Abs. 1 Nr. 4 BNatSchG). Ausnahmen sind für bestimmte Zwecke, wie z. B. Forschung, und mit vorheriger Genehmigung der höheren Naturschutzbehörde an der Regierung möglich (§ 45 Abs. 7 BNatSchG). Das gewerbsmäßige Entnehmen, Be- oder Verarbeiten wild lebender Pflanzen bedarf unbeschadet der Rechte der Eigentümer und sonstiger Nutzungsberechtigter der Genehmigung der für Naturschutz und Landschaftspflege zuständigen Behörde.
Ein- und Ausfuhrgenehmigungen erteilt das Bundesamt für Naturschutz.
Das Bundesnaturschutzgesetz enthält in §§ 40a-40f Regelungen zu invasiven Arten. Für den Vollzug dieser sind ebenfalls die Unteren Naturschutzbehörden an den Kreisverwaltungsbehörden zuständig.